考古證據得知，望安島數千前年即有人類活動蹤跡。明朝末年大批漢人移入，島上最大族姓《許姓家譜》即紀錄其祖先1629年崇禎年間自金門後埔遷來，花宅的張姓、曾姓祖先則分別於天啟年間和清初康熙年間渡海來澎定居。

十七世紀中葉，房舍群聚而為大、小花宅兩澳社的聚落型態業已成形，其後逐步發展出「頂寮」、「下寮」、「尾寮」及「山仔后」等四甲的社會領域。花宅聚落的全盛時期當屬戰後初期1950到1960年代之間，1970年代起因大量青壯離鄉而漸趨沒落，然而聚落的空間結構和百餘戶傳統房舍，卻也因此未受到現代化發展的過度破壞。